Ученые научили AlphaFold учитывать разные формы белков

Белки представляют собой не статичные структуры, а динамичные молекулярные системы, которые постоянно изменяют форму в зависимости от условий среды и выполняемых функций. Как сообщает elama.ru, исследователи разработали метод, позволяющий расширить возможности системы AlphaFold3 и получать не одну, а целый набор возможных конфигураций белков.

AlphaFold, разработанный DeepMind, стал прорывом в структурной биологии, поскольку способен предсказывать трёхмерную структуру белков по аминокислотной последовательности. Однако система выдаёт единственную наиболее вероятную структуру, тогда как в реальности белки существуют в виде набора различных состояний.

Новый подход использует AlphaFold3 как основу для генерации структур, а затем дополняет его экспериментальными данными, включая результаты ядерного магнитного резонанса и рентгеновской кристаллографии. Это позволяет восстановить ансамбль белковых форм, согласованный с лабораторными наблюдениями.

По результатам исследования, такие ансамбли отражают конформационную изменчивость белков, которая ранее не учитывалась стандартными предсказаниями. В ряде случаев они лучше соответствуют экспериментальным данным, чем структуры из базы Protein Data Bank, а также позволяют быстрее получать ЯМР-ансамбли по сравнению с традиционными методами.

Для фармацевтической науки это особенно важно, поскольку лекарственные препараты взаимодействуют не с одной формой белка, а с целым набором его состояний. Новый метод позволяет точнее учитывать эти особенности и может повысить эффективность разработки лекарств.

Рекомендуем также:

1. Салат «Граф» затмил все закуски: один ингредиент делает его вкус настолько ярким, что стол пустеет за минуты
2. Минус 10 лет без сложного ухода: какие прически реально освежают образ после 40 и делают лицо визуально моложе
3. Новые аномалии и удивительная сырость: прогноз погоды на лето по всей России и регионы, где жара будет особенно сильной
4. Старый рецепт оказался лучше модных лайфхаков: маринад по ГОСТу делает шашлык сочнее любых современных способов
5. Закупаю по 5 пачек салфеток за раз и использую их не по назначению: 4 бытовые ситуации, где они становятся незаменимыми